Обучението на докторантите се осъществява по индивидуален план, в който се включват следните модули:

1. базов модул – насочен е към придобиване на знания и умения по отношение на методиката и методологията на научното изследване, използването на различни научноизследователски и експертно-аналитични методи, овладяването на специализирани програмни продукти, езикова подготовка и др. Проверката на знанията им се извършва с изпит;
2. специализиращ модул – съобразен е с профила на дисертационното изследване; включва посещение на определен брой лекционни курсове, семинари и др. и полагане на изпити;
3. научноизследователски модул – включва участие на докторанта в кръгли маси, научни експертизи, изследователски проекти, екипи за научно-консултантска дейност, художественотворчески проекти, разработване и публикуване на не по-малко от 3 публикации в научни издания, предимно свързани с изяви в национални научни форуми и международни конференции, чрез публикуване в изданията и др.

Индивидуалният план определя насочеността на докторантурата и се състои от общ учебен план за целия период на обучение и работен план по години. Изготвя се от докторанта и научния му ръководител и се обсъжда и утвърждава от катедрения и факултетния съвет. Планът се утвърждава от началника на училището до 1 месец след зачисляването на докторанта. Индивидуалните планове се оформят в три екземпляра и се съхраняват в катедрата, докторанта и при секретаря по процедурите за придобиване на научни степени. Всеки докторант полага четири задължителни изпита – по научната специалност, по тематиката на дисертационния труд, по методология и методика на научното изследване и по чужд език. Докторантът може да положи и допълнителни изпити, които се определят с индивидуалния план по решение на катедрения съвет.

За осигуряване на съответствие на докторантското обучение с ECTS се присъждат кредити за всеки от изпитите и другите форми на обучение. Целта е да се осигури възможност за мобилност на докторантите. Системата за натрупване и трансфер на кредити задължава докторантите да покрият 80 кредита за редовна докторантура, 70 кредита – за задочна, 60 кредита – за докторантура на самостоятелна подготовка.

Докторант, който е положил успешно предвидените в индивидуалния му учебен план изпити и е представил предсрочно за предварително обсъждане в катедрата дисертационен труд, при положително решение на обучаващата катедра и решение на факултетния съвет се отчислява от докторантура с право на защита.

Отчисляване на докторантите се извършва със заповед на началника на училището. Началникът на училището уведомява министъра на отбраната за отчисляването на докторантите, зачислени с министерска заповед.

Когато докторантът изпълни задълженията си по индивидуален план и дисертационния труд е напълно готов, труда се представя на научния ръководител, който преценява готовността за защита. При положителна оценка научният ръководител предлага на катедрения съвет да открие процедура за предварително обсъждане. Катедреният съвет избира двама хабилитирани преподаватели от съответната научна област за вътрешни рецензенти на дисертационния труд. След като рецензиите са готови се прави предварителното обсъждане, на което кандидата представя труда си, четат се рецензиите на рецензентите и се провежда дискусия, в която се задават въпроси към докторанта и към научния ръководител за изясняване на научните и научно-приложните приноси, постигнатите резултати, актуалността и значимостта на резултатите, силните страни и слабостите на изследването, насоките за доработване и т.н. Правят се изказвания, в които се дава оценка на представения дисертационен труд и на качествата му като докторска дисертация. Дава се оценка и на научно-теоретичната и специална подготовка на докторанта и се преценява дали той е в състояние да доведе дисертационния труд до успешна защита.

След приключване на дискусията се взема решение за готовността за защита пред научно жури.