За предшественик на Катедрата трябва да се приема „Временният курс по военноморски науки“, протекъл за пръв път през 1893 г. в гр. Русе. В него се извършва преквалификация на сухопътните офицери, приети на служба във Флотилията и Морската част (официалното название на ВМС на Княжество България). В отделни случаи този курс завършват кадети, учили във военноморски училища зад граница, но по една или друга причина не успели да получат диплома за завършено военноморско образование. Първоначално в курса офицерите се подготвят самостоятелно и се явяват на изпити пред компетентна комисия.

За пръв път през 1914 – 1915 г. в курса се води системен учебен процес, четат се лекции и е организирана учебна плавателна практика под ръководството на наставник. През 1920 г. за пръв път на завършилите този курс се издават свидетелства за завършено висше специално военноморско образование. По-нататък тази практика продължава до 1931 г. в рамките на Висшия корабоначалнически курс, като срокът на обучение достига три години. Доколкото названието на тази структура е курс, а освен това от него водят началото си и други структури на Морското училище (напр. Факултет „Навигационен“ и Катедра „Корабоводене“), то неговата поява се смята за предшественик на катедра „Експлоатация и мениджмънт на морския транспорт“.

Катедра „Експлоатация и мениджмънт на морския транспорт“ се обособява през 1965 г., след отделяне на програмата от катедра „Корабоводене“. Създаването се налага от необходимостта да се повиши специалната подготовка на корабоводителите, особено на тези за търговския флот. Учебно-материалната база в началото е оскъдна – липсват кабинети, учебници и учебни пособия. Едва след настаняването на Катедрата през 1976 г. в западния учебен корпус се създават и обзавеждат оригинални учебни кабинети. Изгражда се необходимата лодъчна база, съоръжена с десетгребни катера, гребноветроходни лодки „ЯЛ-6“, ветроходни яхти и моторен катер. Нивото на обучение се провежда и поддържа в съответствие с изискванията на Международната морска организация.