През май 1998 г. Варненският окръжен съд регистрира АВМУ с предмет на дейност – подкрепа в развитието на ВВМУ „Н. Й. Вапцаров“, като център за образование и възпитание на морски кадри на Република България, чрез юридически, дарителски, информационни, културно-развлекателни и спортни дейности.
Така беше възстановена една традиция в историята на Морско училище от негови възпитаници в края на ХХ век.
Поради големия интерес към Асоциацията, проявен от завършилите Морско училище, на 15 май 2001 г. беше прието изменение в Устaва ѝ, с което се създават нови структури в нейния състав – секции.
Към 21 април 2005 г. в Асоциацията на възпитаниците на Морско училище членуват 1153-ма души.
В момента, освен в гр. Варна, където е седалището ѝ, нейни секции има и в Бургас, Русе, София, Ловеч, Ванкувър и Ханой.
Асоциацията на възпитаниците на Морско училище е един от инициаторите и с нейното активно участие се отбелязват важни празници на Морско училище.