През 1934 г. Морското машинно училище е преместено в сградите на вече закритото Рибарско училище на остров Св. Кирик край Созопол. През 1940 г. училището се връща във Варна в голямата представителна сграда на ул. „Стефан Караджа“. Същата година възпитаниците му участват в стоварването в Балчик при връщането на Южна Добруджа в пределите на Царство България.

През 1942 г. с царски указ Морското училище получава статут на специализирано висше морско училище и названието Военноморско на Негово Величество училище. В 1943 г. е отворен Морски отдел на Школата за запасни офицери – Варна, създаден към Военноморското на Н.В. училище за подготовка на запасни офицери за Морските войски.

В периода 1945 – 1946 г., училището се нарича Военноморско народно училище при Морските войски, а през 1946 – 1949 г. – Народно военноморско училище. През 1949 г. Морското училище приема за свой патрон Никола Вапцаров, поет, възпитаник на училището от випуск 1926 г. и получава названието „Народно военноморско училище „Н. Й. Вапцаров“.

Особена страница в историята на флотската алма-матер е обучението на чужденци, доколкото това е обективен критерий за нарасналия международен престиж на учебното заведение. Началото е поставено през 1953 г., когато в училището влизат за обучение чешки студенти и албански курсанти. До 1994 г. във ВВМУ „Н. Вапцаров“ получават своите дипломи за завършено образование 141 чужденци от общо единадесет страни от четири континента.

През 1954 г. училището се нанася в сегашния учебен комплекс на ул. „Васил Друмев“ № 73. С Указ на Президиума на Народното събрание от 1956 г. то получава статут на висше инженерно морско училище и е преименувано на Висше народно военноморско училище „Н. Й. Вапцаров“. През 1960 г. то е вписано в регистрите на Международната морска организация (IMO) към ООН, с което се признават дипломите на възпитаниците му пред всички корабособственици по света.

През 1968 г. основният корпус на комплекса е надстроен с един етаж. От 1991 г. названието му вече е Висше военноморско училище „Н. Й. Вапцаров“. През 2000 г. ВВМУ е вписано в „Белия списък“ на IMO като висше училище с одобрено морско образование, съгласно конвенцията STCW 78/95. През 2001 г. с решение на Националната агенция за оценяване и акредитация към МС получава пълна акредитация като висше училище, в съответствие с новоприетия Закон за висшето образование. През 2000 г. получава сертификат за качество ISO 9002.4 по специалността „Корабоводене“ от Лойд регистър, а през 2004 г. – ISO 9001-2000 за всички специалности.

През септември 2007 г. по искане на министъра на отбраната и със заповед на министъра на образованието и науката на Република България е създаден Професионален старшински колеж към Висшето военноморско училище „Никола Вапцаров“ в гр. Варна.