Библиотеката на ВВМУ е основана с разрешение на командването през учебната 1898-1899 г. На първо време се създава библиотека и се поддържа читалня. Макар за тях да не е осигурено специално помещение, книжният фонд се формира от дарения. Първите постъпления са книги, подарени от ученик-машиниста Манол Иванов. Следват дарения от негови колеги, офицери и преподаватели. Създава се традиция при постъпването си новите випуски да правят дарения от книги. По-късно започват да се заделят средства и от училището, предимно за абонамент на списания. През 1901 г. се поддържа абонамент със средства от дарения само за три списания, през 1904 – за шест, а през 1908 – за пет. Библиотеката се завежда от ученик. След войната, благодарение на началника на училището капитан-лейтенант Иван Михайлов библиотечният фонд значително се увеличава, а обслужването на библиотеката се възлага на преподавател. По времето, когато училището се помещава в казармите на Осми полк, книгите, подредени по раздели на знанието, заемат само четири шкафа в чертожната зала, а към 1931 г. библиотеката вече притежава 2 401 библиотечни единици и абонирана за 27 списания, от които 7 чуждестранни – руски, френски и немски издания. С нея е свързана и традицията през зимния период да се изнасят почти ежеседмично беседи, адресирани към техническата и обща култура на учениците – дело на преподаватели, но често и на ученици.
В четирите шкафа в дъното на залата през 1931 г. е съхранявана литературата на библиотеката на Морско училище
През този ранен период, в който бюджетните средства за издръжка са ограничени, като форма за подпомагане възникват различни фондове. През 1916 г. е основан фонд „Генерал Кирков“ с цел да снабдява членовете си с учебни пособия и технически списания. Той издава със свои средства учебници, съставени от преподаватели, поддържа библиотеката и отваря книжарница за учебни помагала в училището.През 1906 г. военният министър генерал-майор Савов утвърждава нова програма, ориентирана към повишаване на равнището на всички учебни дисциплини. По общообразователните и технически науки се осигуряват учебници, но по другите дисциплини преподавателите разработват записките си като учебни помагала, които учениците по собствена инициатива литографират с лични средства като спестяват 25% от полагаемия им се по разкладка хляб (четирима души се хранят с три хляба), за да го продадат на бедни хора от града. Литографирането и подвързването извършват сами и така поставят началото на учебния библиотечен фонд.
През 1917 г. собственикът на фабрика в гр. Казанлък Иван Н. Хаджиенов дарява на училището 50 хиляди лева за учебно-материалната му база. С тях през 1919 г. се основава фонд „Хаджиенов“. През 1928 г. в него се влива фонд „Училищни такси“. Целите на фонда са: „… набавяне на учебници, учебни помагала, картини и предмети от възпитателно, битово и поучително значение; набавяне и поправяне на уреди и купуване на материали за практически упражнения в кабинетите; набавяне на книги и списания за библиотеката на училището.“